日本的伊斯兰教是明治七年（1874年）开始传入的。20世纪20年代得到发展；在二次大战期间，日本政府派出的不少人来中国进行「调查」。这些人有一部份改信了伊斯兰教。日本的穆斯林以这些日本人为主；在侵华战争期间从我国抓去的劳工中有一部份穆斯林；近年来日本经贸事业大发展，来自阿拉伯、伊朗、巴基斯坦、印度尼西亚、马来西亚和新加坡等国的穆斯林商人中，有一部份落籍日本。东京、大阪、神户都建有较大的清真寺。在横滨、名古屋、奈良、德岛、仙台、北海道、金泽、浦和、小田原地都设有伊斯兰研究中心。在东京还有一所培养穆斯林人材的阿拉伯伊斯兰学院。